Thiếu tá Kusanagi Motoko gia nhập Section 9 sau khi rời đơn vị 501. Khi hệ thống giao thông thành phố bị tấn công, cô và Logicoma phải ngăn chặn kẻ thù. Tuy nhiên, cô nhận ra mình không thể làm việc này một mình, cần có đội ngũ hỗ trợ.