Sau đợt tấn công của Angel, NERV bổ sung **Asuka Langley Shikinami** cá tính và **Makinami Mari Illustrous** bí ẩn – người đã tiêu diệt Shamshel. Với sự hỗ trợ của Asuka, cuộc chiến chống Angel dễ dàng hơn, Shinji cũng dần mở lòng. Nhưng rồi, một biến cố kinh hoàng xảy ra…

Năm 2015, thế giới bị tàn phá. Ikari Shinji gặp Angel khổng lồ tấn công thành phố. Một cô gái đưa Shinji đến nơi chế tạo robot “Eva” để chống lại Angel. Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống Angel bằng Eva.

Takeshi Hongo, Augmentation của SHOCKER, và Ruriko Midorikawa, một kẻ nổi loạn, trốn thoát khỏi tổ chức. Hongo, bị tước bỏ nhân tính, đấu tranh giữ lại con người, trong khi Ruriko tìm lại trái tim. Họ cùng nhau đối mặt với câu hỏi về công lý, điều ác và con đường phía trước, liệu bạo lực có kết thúc?