Năm 1988, Tokyo bị hủy diệt, châm ngòi Thế chiến III. 31 năm sau, thành phố phục hồi nhưng đạo đức suy đồi. Kaneda và Tetsuo, thành viên băng Capsule, bị cuốn vào âm mưu khi Tetsuo chạm trán mẫu vật thí nghiệm. Bị chính phủ bắt giữ, Kaneda phải cứu Tetsuo, nhưng họ sớm đối mặt với những bí mật kinh hoàng từ quá khứ.