Sengoku Basara The Last Party tái hiện trận Sekigahara năm 1600, nơi Đông Quân và Tây Quân tranh giành thống nhất Nhật Bản. Dù lấy cảm hứng từ game Sengoku Basara Samurai Heroes, anime này có cốt truyện riêng, thay đổi nhiều tình tiết so với nguyên tác.

Một loại virus ma tên Fire-Starter lây nhiễm hệ thống, dẫn đến vụ ám sát Thủ tướng Nhật Bản. Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội tinh nhuệ của cô được giao nhiệm vụ truy tìm nguồn gốc của virus.