Trong một thực tại hậu chiến tranh, Nhật Bản bị chia cắt: miền Bắc do Liên minh kiểm soát và miền Nam do Hoa Kỳ kiểm soát. Một tòa tháp bí ẩn mọc lên ở phía Liên minh. Ba học sinh trung học hứa sẽ bay đến đó bằng máy bay tự chế tạo để khám phá bí mật của tòa tháp.

Suzume gặp Souta, người tìm kiếm “cánh cửa” để đóng lại và bảo vệ Nhật Bản khỏi thảm họa. Bất ngờ thay, Suzume cũng có khả năng đóng cửa. Cả hai cùng nhau thực hiện sứ mệnh “khóa chặt cửa”.