**Ash, Misty, và Brock gặp Mewtwo** – một Pokémon nhân tạo muốn gây chiến, sau khi nhận lời mời từ một huấn luyện viên bí ẩn.

Một huấn luyện viên bí ẩn mời Ash, Misty, Brock đến gặp Mewtwo. Mewtwo – một Pokémon nhân tạo – muốn gây chiến.

Năm 2065, Trái đất đối mặt nguy cơ diệt vong khi một ngôi sao băng va chạm, mở đầu cuộc đổ bộ của sinh vật ngoài vũ trụ. Chúng tàn phá cánh đồng, thành phố. Chỉ New York còn lại vài người sống sót. Quân xâm lược đang tiến sát các thành phố rìa ngoài, đẩy ngày tận thế đến gần.