Để cứu vãn hòa bình Liên Bang-Klingon, phi hành đoàn Enterprise và Excelsior phải hợp lực ngăn chặn âm mưu phá hoại đàm phán của phe hiếu chiến.

Thuyền trưởng Kirk và ngài Spock bị buộc tội **giết người** trong quá trình đàm phán hòa bình với người Klingon, sau khi tàu của họ bị tấn công.

Vào thế kỷ 23, Đô đốc Kirk đang thực hiện nhiệm vụ cuối cùng trên tàu U.S.S. Enterprise thì Khan, một kẻ phản bội siêu nhân di truyền, tái xuất. Khan đã đánh cắp Project Genesis và chiếm một con tàu khác. Hắn truy đuổi Enterprise, quyết tâm giết Kirk, ngay cả khi điều đó dẫn đến Armageddon toàn cầu.