“Bí Mật Quốc Gia – Head Above Water” xoay quanh Viện 301 rò rỉ thông tin thí nghiệm dưới nước. Cục công an Tam Đảo giao Hồng Thiếu Thu và Diệp Hàm phá án 60 ngày. Vượt qua bất đồng và trở ngại, họ bắt được gián điệp, củng cố niềm tin giữa hai người.