Tại Tokyo, trước thềm Thế vận hội, những vụ bắt cóc bí ẩn xảy ra trên tàu siêu tốc. Gia đình Akai, bao gồm đặc vụ FBI Akai Shuichi, quán vương Haneda Shukichi và nữ thám tử Sera Masumi, cùng FBI vào cuộc. Liên quan mật thiết đến Tổ chức Áo Đen và việc mẹ họ bị teo nhỏ, Sera điều tra Shinichi tại trường của Ran.