Năm 2199, Trái Đất bị đế chế Gamilas xâm lược, nhân loại đứng trước nguy cơ tuyệt diệt trong 1 năm. Tàu Yamato thực hiện hành trình 168.000 năm ánh sáng đến Iskanda, tìm kiếm công nghệ cứu Trái Đất và chấm dứt cuộc chiến.

Sugimoto và Asirpa, với hai mảnh bản đồ trong tay, tiếp tục truy lùng 22 tù nhân xăm mình. Cơ thể họ là chìa khóa dẫn đến kho báu ẩn giấu, và việc tìm kiếm họ là ưu tiên hàng đầu.