Năm L.C. 922, sau 100 năm chiến tranh ở Tetra Heaven, các vị thần bại trận tấn công Septpia – thế giới loài người. ALCA, cơ quan cảnh sát đặc biệt, triển khai các Nhà Logic học để bảo vệ thành phố. Một thường dân thiếu “Logic” tên Yoshichika Tsurugi gặp nữ thần Athena, người mang “Logic” anh thiếu. Cả hai cùng đối mặt định mệnh.