Totto-chan, không hòa nhập được với trường cũ, đã tìm thấy mái nhà mới tại Tomoe Gakuen. Cô bé khám phá thế giới mới, kết bạn với những học sinh độc đáo và tiếp thu kiến thức trong bối cảnh chiến tranh lan rộng khắp Nhật Bản.