Kẻ bịt mặt đánh cắp Stardust Dragon của Yusei, gây hỗn loạn ở Neo Domino. Judai bị rồng tấn công. Thời Yugi, bầu trời đen tối, khu thương xá sụp đổ, Pegasus và ông Yugi thiệt mạng. Ai là kẻ bịt mặt? Hắn muốn gì? Số phận Duel Monster và thế giới phụ thuộc vào Yusei, Judai và Yugi – những anh hùng sở hữu sức mạnh đặc biệt.