10 năm sau tập cuối, phi hành đoàn Sidonia chuẩn bị đại chiến Gauna để định cư hành tinh thứ bảy hệ Lem. Át chủ bài Nagate yêu Tsumugi tha thiết. Nhưng, ác ý của nhà khoa học già trong chàng trai đã làm thay đổi toàn bộ tình hình.