**Ngôi trường Bí mật Mystery** bắt đầu khi Fred, Daphne, Velma, Shaggy và Scooby Doo, những học sinh có vòng tròn xã hội riêng biệt, hợp sức điều tra hành vi phá hoại trường học. Qua đó, họ khám phá ra sự thật về Coolsville, hình thành nên đội ngũ **Mystery** giải quyết bí ẩn.