Thiếu tá Kusanagi Motoko gia nhập Section 9 sau khi rời đơn vị 501. Khi hệ thống giao thông thành phố bị tấn công, cô và Logicoma phải ngăn chặn kẻ thù. Tuy nhiên, cô nhận ra mình không thể làm việc này một mình, cần có đội ngũ hỗ trợ.

Năm 2027, Tân Cảng chìm trong chiến tranh. Một vụ đánh bom do mìn tự hành và cái chết của một quân nhân tham nhũng đã đưa Aramaki và Motoko Kusanagi, hacker cấp độ người máy của Đơn vị 501, gặp nhau. Batou nghi ngờ Kusanagi đứng sau vụ nổ. Togusa điều tra các vụ án khác, trong khi Kusanagi bị Kurutsu theo dõi.

Vào mùa đông 2028, Thành phố Cảng Mới đối mặt với căng thẳng hậu chiến, biểu tình chống tập đoàn nước ngoài leo thang thành bạo lực cảnh sát. Sự kiện bắt nguồn từ lây nhiễm cyberbrain của “Fire Starter”. Makoto Kusanagi cùng đơn vị độc lập điều tra, đối mặt với “cô bé thiếc” Emma và “gã bù nhìn” Burinda Junior, hướng tới công lý trong bối cảnh phức tạp này.

Motoko và Batou, trong vai tình nhân, truy lùng tổ chức khủng bố Scrasath. Song song, Togusa điều tra vụ giết người liên quan đến chiếc chân giả của Công ty Chân Nàng tiên cá.

Một loại virus ma tên Fire-Starter lây nhiễm hệ thống, dẫn đến vụ ám sát Thủ tướng Nhật Bản. Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội tinh nhuệ của cô được giao nhiệm vụ truy tìm nguồn gốc của virus.