**Cuộc Chiến Hủy Diệt** tiếp nối 15 năm sau phần hai, khi virus biến người ngoài hành tinh nhiễm bệnh thành mối đe dọa. Đội trưởng Rose Corley dẫn dắt đội lính đánh thuê tinh nhuệ đến thế giới ngoài hành tinh, nhằm giải cứu nhân loại khỏi nguy cơ diệt vong.

Khi phi công Kate Sinclair bị bắn rơi ở Afghanistan, cô ẩn náu trong một boongke bỏ hoang. Tại đây, cô vô tình đánh thức một vũ khí sinh học nguy hiểm: sinh vật nửa người, nửa người ngoài hành tinh, được tạo ra từ thí nghiệm của con người.