Khi Kenshin sống bình yên, chính quyền Minh Trị yêu cầu anh ngăn chặn Makoto Shishio – cựu sát thủ phản bội, âm mưu lật đổ chính quyền từ Kyoto. Dù Kaoru không muốn, Kenshin vẫn nhận nhiệm vụ, đến Kyoto để ngăn chặn nội chiến, bảo vệ đất nước.