Kẻ thù Eggman đã giải phóng thần hủy diệt Hỗn loạn bị phong ấn 4.000 năm. Hắn và Nhím Shadow lập kế hoạch trả thù nhân loại.

Nhiệm vụ thất bại đã đẩy Sonic, bạn bè, Doctor Eggman và 7 viên Ngọc lục bảo Hỗn loạn đến Trái Đất, một chiều không gian xa lạ.