Sorey, nhà nghiên cứu truyền thuyết, luôn tìm kiếm Người chăn cừu – vị cứu tinh mang lại hòa bình cho seraphim và loài người. Khi anh và Mikleo gặp một cô gái bí ẩn trong tàn tích, những câu chuyện huyền thoại về Người chăn cừu đã trở thành hiện thực, thay đổi cuộc đời Sorey.

Tại đảo Hachijo-jima, Tokyo, các kỹ sư vận hành “Phao Thái Bình Dương” – cơ sở an ninh toàn cầu, thử nghiệm công nghệ nhận dạng khuôn mặt. Conan và nhóm thám tử đến đảo, nhận tin Europol bị Jin sát hại. Conan thâm nhập cơ sở, phát hiện Tổ chức Áo đen bắt cóc một nữ kỹ sư, chiếm USB chứa thông tin. Ai Haibara cũng bị đe dọa.