Tại thành phố công nghệ thực tế ảo, Yuko cùng bạn bè gia nhập văn phòng thám tử của bà mình. Nhiệm vụ của họ là truy tìm những đứa trẻ mất tích bí ẩn.

Trong thành phố cuối cùng của thế giới tàn phá, con người và android chung sống. Nhưng hòa bình bị phá vỡ khi thanh tra Re-l Mayer truy lùng Ergo Proxy, một quái vật bí ẩn.

Bị gia đình bạo hành coi thường, Miyo đã tìm thấy giá trị bản thân và sức mạnh tiềm ẩn, tỏa sáng cùng người chồng tương lai đầy quyền lực.