Thiếu tá Kusanagi Motoko gia nhập Section 9 sau khi rời đơn vị 501. Khi hệ thống giao thông thành phố bị tấn công, cô và Logicoma phải ngăn chặn kẻ thù. Tuy nhiên, cô nhận ra mình không thể làm việc này một mình, cần có đội ngũ hỗ trợ.

Sau đợt tấn công của Angel, NERV bổ sung **Asuka Langley Shikinami** cá tính và **Makinami Mari Illustrous** bí ẩn – người đã tiêu diệt Shamshel. Với sự hỗ trợ của Asuka, cuộc chiến chống Angel dễ dàng hơn, Shinji cũng dần mở lòng. Nhưng rồi, một biến cố kinh hoàng xảy ra…

Năm 2027, Tân Cảng chìm trong chiến tranh. Một vụ đánh bom do mìn tự hành và cái chết của một quân nhân tham nhũng đã đưa Aramaki và Motoko Kusanagi, hacker cấp độ người máy của Đơn vị 501, gặp nhau. Batou nghi ngờ Kusanagi đứng sau vụ nổ. Togusa điều tra các vụ án khác, trong khi Kusanagi bị Kurutsu theo dõi.

Phần tiếp theo của “Tekketsu-hen”, Araragi đối mặt với **lựa chọn khó khăn**: từ bỏ hy vọng trở lại **người thường** hay tiếp tục **chiến đấu** vì **Kiss-shot**.

Xuất bản **The Great Passage**, một từ điển mới, đang được tiến hành. **Mitsuya Majime**, ban đầu từ bộ phận bán hàng, được tuyển dụng bởi **Kouhei Araki**, một biên tập viên từ điển sắp nghỉ hưu. Mặc dù bị coi là “con côn trùng ăn tiền”, **Mitsuya** với sự kiên trì và tình yêu ngôn ngữ, cùng với **Masashi Nishioka**, đã trở thành một biên tập viên xuất sắc.

Vào mùa đông 2028, Thành phố Cảng Mới đối mặt với căng thẳng hậu chiến, biểu tình chống tập đoàn nước ngoài leo thang thành bạo lực cảnh sát. Sự kiện bắt nguồn từ lây nhiễm cyberbrain của “Fire Starter”. Makoto Kusanagi cùng đơn vị độc lập điều tra, đối mặt với “cô bé thiếc” Emma và “gã bù nhìn” Burinda Junior, hướng tới công lý trong bối cảnh phức tạp này.

Nhờ Meme Oshino, Koyomi đánh bại Dramaturgy, Episode và Guillotinecutter, giúp Kiss-Shot lấy lại chi. Tuy nhiên, Kiss-Shot tiết lộ sự thật về ma cà rồng, khiến Koyomi không hối tiếc nhưng phủ nhận số phận. Khi Koyomi vật lộn, Tsubasa Hanekawa xuất hiện với một kế hoạch.

Ryota Miyagi, “người bảo vệ tốc độ” của Shohoku, dùng trí tuệ và tốc độ để vượt qua đối thủ. Cùng Sakuragi, Rukawa, Akagi và Mitsui, anh ấy đưa đội Shohoku thách thức đương kim vô địch Sannoh Kogyo tại Giải vô địch quốc gia liên trường trung học.

Koyomi Araragi, học sinh trung học Naoetsu, kết bạn với Tsubasa Hanekawa, người kể tin đồn về “ma cà rồng tóc vàng”. Koyomi tìm hiểu và gặp Kiss-shot bị thương nặng. Cô yêu cầu Koyomi truyền máu để cứu mạng. Sau khi giúp đỡ, Koyomi nhận ra mình đã biến đổi.

Motoko và Batou, trong vai tình nhân, truy lùng tổ chức khủng bố Scrasath. Song song, Togusa điều tra vụ giết người liên quan đến chiếc chân giả của Công ty Chân Nàng tiên cá.

Tại thị trấn hoang vắng Macca, Thị trưởng Kapler tập hợp những người săn tội phạm chống lại tên cướp Gasbag. Meryl và Milly đến Macca và ngạc nhiên khi thấy Vash. Khi tay chân Gasbag tấn công, Vash nhận ra Wolfwood trong số chúng.

Một loại virus ma tên Fire-Starter lây nhiễm hệ thống, dẫn đến vụ ám sát Thủ tướng Nhật Bản. Thiếu tá Motoko Kusanagi và đội tinh nhuệ của cô được giao nhiệm vụ truy tìm nguồn gốc của virus.

Đầu những năm 2050, “tế bào Tiên tri” không xác định, được gọi là “aragami”, bắt đầu tiêu thụ sự sống trên Trái đất. Miễn nhiễm với vũ khí thông thường, chúng đẩy loài người đến bờ vực tuyệt chủng. “God Arcs”—vũ khí sống từ tế bào Oracle—mang lại hy vọng, tạo ra một lực lượng tinh nhuệ chống lại mối đe dọa này.