Sau chiến thắng của Genji (GPS) trước Serizawa, Genji trở thành thủ lĩnh Suzuran. Tuy nhiên, anh đã tấn công thành viên trường Housen, phá vỡ hiệp định đình chiến. Điều này châm ngòi cho một cuộc chiến **bạo lực học đường** khốc liệt giữa **Suzuran** và **Housen**, gợi lại những **trận chiến trong quá khứ**.

Crow Zero II tiếp nối cuộc chiến bạo lực học đường tại Suzuran. Sau khi Genji Takiya dẫn dắt băng GPS chiến thắng Tamao Serizawa, trở thành thủ lĩnh, anh vô tình châm ngòi xung đột với trường Housen khét tiếng. Sự kiện này phá vỡ hiệp định đình chiến, đẩy Suzuran vào cuộc chiến trả thù lịch sử với Housen.

Makoto Segawa, sinh viên năm nhất Meikei, gặp Shizuru, một cô gái kỳ quặc giúp anh vượt qua mặc cảm. Shizuru muốn ở bên Makoto, cùng anh chụp ảnh trong rừng. Dù Makoto thích Miyuki, Shizuru quyết định thích mọi thứ anh làm. Họ hôn nhau trong rừng để Shizuru kỷ niệm “sinh nhật”.

Thanh tra Zenigata truy đuổi Lupin Đệ Tam khắp thế giới. Cả hai phải hợp tác chống lại một kẻ thù chung, thành lập đội Lupin. Nhiệm vụ của họ là lấy lại “Trái tim đỏ thẫm của Cleopatra” bị giam giữ trong pháo đài, một báu vật được cho là mang lại quyền lực kiểm soát thế giới.

Năm 2067, Nhật Bản tự cô lập để tránh chính sách quốc tế hạn chế công nghệ robot. Đến năm 2077, S.W.O.R.D. xâm nhập Nhật Bản để điều tra việc phát triển công nghệ sinh học robot bị cấm. Cuộc chiến giữa máy móc và con người bùng nổ, đe dọa loài người.