Tại Tokyo hoang vắng, ngập tràn bong bóng và bất thường trọng lực, một chàng trai trẻ tài năng đã có cuộc gặp định mệnh với một cô gái bí ẩn.

Để đối phó với chủng tộc chiến binh tàn ác hủy diệt nhiều ngôi làng, nữ tu sĩ Kirara đã lên đường, tìm kiếm và tập hợp các samurai lang bạt.

Caiman, mất trí nhớ và mang đầu thằn lằn, cùng Nikaido săn lùng pháp sư đã nguyền rủa mình. Trong thế giới Hole nguy hiểm, việc này gây ra nhiều rắc rối và mối họa tiềm ẩn.

Hai nhà vô địch du hành thời gian đến Lưỡng Hà cổ đại, đối đầu với nữ thần và ác quỷ. Họ là hy vọng cuối cùng để cứu loài người khỏi nguy cơ diệt vong.

Satoshi và Go, những nhà nghiên cứu trẻ tuổi, trở thành nghiên cứu sinh tại phòng thí nghiệm của Giáo sư Sakuragi. Cùng nhau, họ chu du khắp thế giới để khám phá và tìm hiểu về Pokémon.

Go và Satoshi tiếp tục hành trình nghiên cứu, với Go tham gia Dự án Mew. Tuy nhiên, Mew không phải là **Pokémon Huyền Thoại** duy nhất họ sẽ khám phá.