Vào thế kỷ 23, Đô đốc Kirk đang thực hiện nhiệm vụ cuối cùng trên tàu U.S.S. Enterprise thì Khan, một kẻ phản bội siêu nhân di truyền, tái xuất. Khan đã đánh cắp Project Genesis và chiếm một con tàu khác. Hắn truy đuổi Enterprise, quyết tâm giết Kirk, ngay cả khi điều đó dẫn đến Armageddon toàn cầu.