Tại thành phố công nghệ thực tế ảo, Yuko cùng bạn bè gia nhập văn phòng thám tử của bà mình. Nhiệm vụ của họ là truy tìm những đứa trẻ mất tích bí ẩn.

Trong thành phố cuối cùng của thế giới tàn phá, con người và android chung sống. Nhưng hòa bình bị phá vỡ khi thanh tra Re-l Mayer truy lùng Ergo Proxy, một quái vật bí ẩn.