Hakuoro, một người đàn ông mất trí nhớ được Eruruu cứu, trở thành lãnh đạo quân khởi nghĩa chống lại Inkara. Anh lập nên đất nước của riêng mình, trải qua hành trình xây dựng và bảo vệ đất nước, đồng thời tìm lại ký ức đã mất.

10 năm sau tập cuối, phi hành đoàn Sidonia chuẩn bị đại chiến Gauna để định cư hành tinh thứ bảy hệ Lem. Át chủ bài Nagate yêu Tsumugi tha thiết. Nhưng, ác ý của nhà khoa học già trong chàng trai đã làm thay đổi toàn bộ tình hình.

Đầu những năm 2050, “tế bào Tiên tri” không xác định, được gọi là “aragami”, bắt đầu tiêu thụ sự sống trên Trái đất. Miễn nhiễm với vũ khí thông thường, chúng đẩy loài người đến bờ vực tuyệt chủng. “God Arcs”—vũ khí sống từ tế bào Oracle—mang lại hy vọng, tạo ra một lực lượng tinh nhuệ chống lại mối đe dọa này.