Năm 2027, Tân Cảng chìm trong chiến tranh. Một vụ đánh bom do mìn tự hành và cái chết của một quân nhân tham nhũng đã đưa Aramaki và Motoko Kusanagi, hacker cấp độ người máy của Đơn vị 501, gặp nhau. Batou nghi ngờ Kusanagi đứng sau vụ nổ. Togusa điều tra các vụ án khác, trong khi Kusanagi bị Kurutsu theo dõi.

Tại lục địa Kuna’ahn, nơi kiếm và ma thuật ngự trị, ba quốc gia lớn duy trì thế cân bằng quyền lực. “Evil Dragon” Daganzord gieo rắc kinh hoàng, hủy hoại mọi thứ. Cha mẹ Hiiro hy sinh trong “Thảm kịch Balbagoa” khi cố gắng phong ấn Daganzord nhưng thất bại. Hiiro được Giruu cứu và bắt đầu học kiếm thuật để trả thù.