“3 Giờ Sáng Phần 2” tiếp nối câu chuyện về cái chết bí ẩn của Rang và ngôi nhà hoang. Phim xoay quanh truyền thuyết về ngôi nhà nguyện bỏ hoang: cầu nguyện trước tượng nữ tu không đầu sẽ biến ước mơ thành hiện thực, nhưng phải quay lại lúc 3 giờ sáng một mình, nếu không sẽ phải chết.

Trên hòn đảo bị sóng thần tàn phá, các học sinh trường danh giá đấu tranh để giữ vững hy vọng. Tuy nhiên, những thế lực bí hiểm dường như đang chống lại họ, đẩy họ vào tình thế hiểm nguy.