Phim KanColle: The Movie 2016, chuyển thể từ game, kể về cuộc chiến mới giữa thế lực Abyssal và “Hạm đội biển sâu”. Các nữ hạm, linh hồn của những chiến hạm đã hy sinh, lại một lần nữa chiến đấu để bảo vệ đại dương.

Các thành phố lớn đang bị sinh vật ngoài hành tinh tàn phá, và mục tiêu tiếp theo là Harajuku, Tokyo. Hy vọng duy nhất nằm ở ba cô gái. Họ phải trở thành thành viên của PARK Harajuku: Crisis Team để cứu thế giới.

Tōse Rokūdō, một nam sinh nhút nhát bị bắt nạt, nhận được cuộn giấy từ ông nội quá cố. Một dấu ấn trên trán anh khiến Ranna Himawari, một nữ côn đồ, yêu mến anh.

Năm L.C. 922, sau 100 năm chiến tranh ở Tetra Heaven, các vị thần bại trận tấn công Septpia – thế giới loài người. ALCA, cơ quan cảnh sát đặc biệt, triển khai các Nhà Logic học để bảo vệ thành phố. Một thường dân thiếu “Logic” tên Yoshichika Tsurugi gặp nữ thần Athena, người mang “Logic” anh thiếu. Cả hai cùng đối mặt định mệnh.

Cuộc sống thường ngày của ban nhạc Plasmagica và ShinganCrimsonZ được kể qua những câu chuyện ngắn gọn, vui nhộn.

Tōnosuke Rokudō, một nam sinh trung học bị bắt nạt, nhận được một cuộn giấy từ ông mình. Dấu ấn trên trán do cuộn giấy tạo ra khiến cô gái du côn Ranna Himawari phải lòng anh.

Mia, công chúa ích kỷ của Tearmoon, sau khi bị hành quyết, bất ngờ quay về tuổi 12. Với cuốn nhật ký đẫm máu, cô quyết định làm lại cuộc đời, xây dựng lại Đế quốc **để tránh máy chém lần nữa**. Hành động vị kỷ này lại tạo nên **phép màu bất ngờ** trong câu chuyện giả tưởng này.