Khi Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, đang chuẩn bị công tác tại Sân Bay Haneda, một khối kiến trúc bí ẩn đột ngột xuất hiện. Chiếc máy bay chở Shindou và 251 hành khách bị cuốn vào bên trong. Tại đó, Shindou gặp Yaha-kui zaShunina, mở ra câu chuyện đầy bất ngờ.

Sau thảm họa Nhật Bản, hai nhà nghiên cứu trẻ tại một trường đại học đã đặt hy vọng vào việc phát triển robot. Đây là bối cảnh trước khi Astro Boy xuất hiện.

Yukito Yanagi, một đứa trẻ mồ côi, đến Ayakajima – gồm bảy hòn đảo nơi Mitama và rồng được đồn đại là sinh sống. Tại đây, anh gặp hai đệ tử của cha mình, những người bảo vệ sự hài hòa của Ayakajima, nhưng trật tự này lại đang đứng trước nguy cơ sụp đổ.

Guideau, cô gái hoang dã răng nanh, và Ashaf, người đàn ông bí ẩn mang quan tài, là một cặp đôi đáng sợ. Họ đến một thị trấn bị phù thủy lừa dạt, tuyên bố là anh hùng. Ashaf và Guideau, biết rõ sự thật, quyết tâm giải quyết vấn đề của họ, sẵn sàng đối phó với mọi cản trở.