Thiếu tá Kusanagi Motoko gia nhập Section 9 sau khi rời đơn vị 501. Khi hệ thống giao thông thành phố bị tấn công, cô và Logicoma phải ngăn chặn kẻ thù. Tuy nhiên, cô nhận ra mình không thể làm việc này một mình, cần có đội ngũ hỗ trợ.

Motoko và Batou, trong vai tình nhân, truy lùng tổ chức khủng bố Scrasath. Song song, Togusa điều tra vụ giết người liên quan đến chiếc chân giả của Công ty Chân Nàng tiên cá.