“Bí Mật Quốc Gia – Head Above Water” xoay quanh Viện 301 rò rỉ thông tin thí nghiệm dưới nước. Cục công an Tam Đảo giao Hồng Thiếu Thu và Diệp Hàm phá án 60 ngày. Vượt qua bất đồng và trở ngại, họ bắt được gián điệp, củng cố niềm tin giữa hai người.

Năm 1944, trong cuộc kháng chiến, đội trưởng Quốc dân đảng Mu Liang Feng, một thợ săn, dẫn đội phá hủy viện nghiên cứu vũ khí bí mật của Nhật Bản. Với sự giúp đỡ của Đảng Cộng sản, anh hoàn thành nhiệm vụ. Tuy nhiên, cái chết của cha và vợ bị bức hại khiến anh hiểu lầm và căm ghét Đảng Cộng sản.