Gotham đối mặt với hiểm họa từ Penguin, Silverback, Cheetah, Killer Croc, Man-Bat. Batman liên minh cùng Red Robin, Nightwing, Green Arrow, The Flash để bảo vệ thành phố và tiêu diệt lũ quái vật.

Trong *Batman Beyond: Return Of The Joker*, Terry McGinnis kế nhiệm Batman. Joker trở lại trẻ trung bí ẩn, khiến Terry điều tra. Cuộc truy tìm sự thật sẽ làm sáng tỏ mối liên hệ của Tim Drake và những bí mật đen tối.

Sau chiến thắng, các Avengers ăn mừng nhưng bị gián đoạn bởi sự biến mất bí ẩn của Red Guardian, cha của Black Widow. Khi điều tra, họ phát hiện Red Guardian không phải người duy nhất mất tích, và phải đối mặt với một kẻ thù mới nguy hiểm chưa từng có.

Batman và các siêu anh hùng DC nhận lời mời bí ẩn, gây nghi ngờ. Gia đình Bat-gia đình phải đoàn kết khi đối mặt với Red Hood, kẻ bị ám ảnh bởi việc tiêu diệt họ và Thành phố Gotham.