Sau đợt tấn công của Angel, NERV bổ sung **Asuka Langley Shikinami** cá tính và **Makinami Mari Illustrous** bí ẩn – người đã tiêu diệt Shamshel. Với sự hỗ trợ của Asuka, cuộc chiến chống Angel dễ dàng hơn, Shinji cũng dần mở lòng. Nhưng rồi, một biến cố kinh hoàng xảy ra…