Năm 2029, mạng và điều khiển học tạo ra lỗ hổng mới: hack não. Khi “The Puppetmaster” lôi kéo người dân vào chính trị, Phần 9 – nhóm cảnh sát được tăng cường điều khiển học – được gọi đến để điều tra và ngăn chặn hắn.

Thám tử người máy Batou điều tra vụ giết người hàng loạt gynoid lỗi, tự hủy sau đó. Não của nạn nhân bảo vệ phần mềm sản xuất. Tuy nhiên, một gynoid Batou vô hiệu hóa còn lại tệp giọng nói: “Giúp tôi với,” gợi mở bí ẩn.

Trong tương lai, công nghệ Cybord hóa tạo ra cơ thể hoàn hảo, gia tăng sức mạnh. Cả phe thiện và ác đều sở hữu công nghệ này, khiến cuộc chiến giữa hai thế giới trở nên khốc liệt.